erubahan rute komuter diperkirakan siap ketika jalur lingkar (loopline) dioperasikan 5 Desember 2011 dengan menghubungkan lima stasiun transit: Manggarai, Jatinegara, Kampung Bandan, Duri, dan Stasiun Tanah Abang. Jumlah rute akan berkurang dari 37 buah menjadi 5 rute.
Perubahan rute diikuti tarif baru, yakni Rp 9.000 bagi pengguna kereta jalur lingkar dan Rp 5.000 untuk kereta ekonomi (tanpa pendingin udara) dengan kenaikan 5 persen per tahun mulai 2012. Namun, mulai 2014 seluruh kereta listrik (KRL) akan berpendingin udara dengan tarif tunggal Rp 10.000.
Dengan perubahan jalur ini, KRL dari Bogor dan sekitarnya tidak akan melalui Stasiun Gambir dan Jakarta Kota, tetapi diputar melalui Stasiun Manggarai, Tanah Abang, Duri, Kampung Bandan, hingga Jatinegara. Penumpang dari Bekasi tidak hanya berhenti di Stasiun Jatinegara, tetapi bisa berlanjut ke Manggarai, Gambir, dan Jakarta Kota.
Perjalanan dari Parung Panjang atau Serpong harus transit di Tanah Abang dan berganti KRL jalur lingkar tanpa beli karcis lagi. Penumpang dari Tangerang transit di Duri dan melanjutkan dengan KRL jalur lingkar. Sedang dari Tanjung Priok transit di Stasiun Kampung Bandan.
Pada 2012 akan dibangun lima stasiun baru agar KRL lebih menarik, yakni di Mampangbaru, Roxy, Tomang, Bandengan, dan Matraman. Layanan juga ditingkatkan dengan area parkir kendaraan pribadi di sekitar stasiun yang dibangun di Bogor, Depok, Serpong, Bekasi, Sudimara, Pondok Ranji, Rawabuntu, Poris, Tangerang, dan Jurang Mangu.
PT KAI memperkirakan akhir 2012 akan mengangkut 464.487 penumpang per hari. Jumlahnya akan melonjak jadi 1,14 juta penumpang pada 2019. Ada pun jarak berangkat antarrangkaian kereta (headway) akan memendek, dari 8 menit pada 2012 menjadi tiap 5 menit mulai 2017.
Direktur Jenderal Perkeretaapian Kementerian Perhubungan Tundjung Inderawan mengatakan, pada saat sama pemerintah melanjutkan penambahan jalur ganda di beberapa rute, seperti Tangerang-Duri yang beroperasi pada 2013, Serpong-Parung Panjang (beres akhir 2011), dan Parung Panjang-Maja (selesai akhir 2012).
Sementara untuk kereta Bandara Soekarno-Hatta, pada tahap awal jalur yang melalui Tanah Tinggi-bandara harus selesai pada 2012 oleh PT KAI. Jalur lingkar bandara beres pada 2014 setelah lintasan rel Duri-Angke- Pluit menuju bandara selesai dengan mekanisme kerja sama pemerintah dan swasta.
Pekerjaan berat menunggu di lintas Jatinegara-Bekasi-Cikampek. Ini jalur padat karena kereta jarak jauh dari timur bergerak pada rel sama dengan KRL. Di sinilah ditambah jalur ganda kedua. Kendalanya, pembebasan lahan yang dihuni keluarga PT KAI.
”Sumber pendanaan sudah menunggu sejak tiga tahun lalu dari JICA (Badan Kerja Sama Internasional Jepang) senilai Rp 4 triliun atau setara 37 miliar yen,” ujar Tundjung.
Direktur Utama PT KAI Ignasius Jonan menyebutkan, PT KAI akan berinvestasi Rp 0,53 triliun dan meminjam Rp 3,02 triliun dari pihak ketiga untuk pengembangan komuter Jabodetabek. Itu pun tetap butuh suntikan modal tambahan dari pemerintah Rp 2 triliun.
Besarnya anggaran dan rumitnya koordinasi yang dibutuhkan untuk mewujudkan mimpi ini mendorong Wakil Presiden Boediono memasukkan kereta komuter sebagai salah satu dari 17 instruksi penyelesaian masalah kemacetan di Jakarta. Instruksi ini diawasi Unit Kerja Presiden untuk Pengawasan dan Pengendalian Pembangunan (UKP4).
Kepala UKP4 Kuntoro Mangkusubroto mengatakan, pemerintah bertekad mengurangi jarak waktu berangkat antarrangkaian dari sebelumnya 8 menit menjadi 3 menit.
”Perlintasan sebidang tidak boleh lagi ada. Semuanya harus dinaikkan dari atas tanah supaya tidak menghambat kereta jalan. Tahun ini belum ada anggaran, baru tahun depan dianggarkan. Jumlah belum tahu. Penganggaran ditanggung bersama oleh Kementerian Pekerjaan Umum, Kementerian Perhubungan dan Pemerintah Provinsi DKI,” kata Kuntoro.